Какая модель сканера рекомендована на приёмку?

Существует множество марок 2D сканеров, но только единицы из них адаптированы под ЕГАИС. На это необходимо обращать внимание при покупке.

В какие сроки будет нужно передавать сведения о закупках?

Не более, чем через 3 дня после продажи — в городах и не более, чем через 7 дней после продажи — в сельских поселениях.

Нужно ли будет при приеме товара сканировать каждую бутылку?

При приеме вообще не будет необходимости сканировать товар. Приемка и работа с поставщиками ведется в рамках электронного документооборота в ЕГАИС, партиями по объемным показателям.

Что делать с остатками, приобретёнными до 1 января 2016 года?

Ставить их на баланс необходимости нет. Можно продавать. Но, если потребуется оформить накладную на возврат поставщику или провести списание, данные операции нужно будет проводить только через ЕГАИС, а для этого сначала поставить такую продукцию на баланс, используя Акт постановки на баланс в ЕГАИС.